Присоединяйтесь к команде распределенных вычислений TSC! Russia!

О проекте Find-a-Drug

Что это за проект?

Каким образом работает клиент?

А Вы уверены, что считаются действительно лекарства? Find-a-Drug действительно полезен?

Спортивные стороны участия в Find-a-Drug

O клиенте

Установка и настройка

Работа с клиентом Find-a-Drug

Статистика

Что это за проект?

Проект распределённых вычислений Find-a-Drug (дословно: "найди лекарство") проводится инициативной группой во главе с одним из авторов используемого счётного ПО THINK - Кейтом Девисом (Keith Davis) при поддержке компании Treweren Consultants, владельца прав на ПО. Надо сказать, что THINK, в принципе, коммерческий продукт, но в рамках проекта Find-a-Drug оно используется свободно в рекламных целях. Именно поэтому THINK в комплекте клиента всячески зашифрован, и речь об открытых исходниках также не идёт. Тем не менее, сам по себе проект носит некоммерческий характер, в финансовом плане его организаторы ставят единственную цель - выйти на окупаемость проекта, для чего сотрудничают с небольшими фармацевтическими компаниями, чтобы исключить монополизацию возможного лекарства и последующую продажу его по завышенным ценам (что характерно для фармацевтических гигантов).

При установке или дальнейшей настройке клиента Find-a-Drug Вы можете выбрать сами, в каких именно проектах будет участвовать Ваш компьютер. Это может быть борьба с раком, ВИЧ, малярией, склерозами, поиск гербицидов и пестицидов, борьба с биотерроризмом, разработка методологии самого проекта и даже поиск лекарств от простуды. :) 

Отдельно выделены коммерческие проекты, то есть, если таковые появятся (а пока их нет), Вы вольны самолично решать, участвовать ли в них, или нет.

На данный момент проект находится в стадии закрытия (к 16 декабря 2005 года). Причина: просчитаны все очевидные цели, теперь акцент будет делаться на использование предварительных результатов компьютерного скрининга. О перспективах на будущее пока ничего не известно, но в 2006 году проект восстановлен не будет точно.

Каким образом работает клиент?

Поиск подходящих молекул осуществляется путём моделирования процесса воздействия различных химических соединений на белки-цели (targets), которые, предположительно, играют ключевую роль для соответствующего проекта (в том числе заболевания, если проект ставит целью поиск лекарства). Это моделирование и проводится клиентским программным обеспечением на персональных компьютерах присоединившихся к проекту пользователей по всему миру. Химические соединения для проверки на лекарственные свойства ("кандидаты") берутся из специально составленной базы данных (другой, чем в проекте TSC). Клиентское ПО забирает с сервера Find-a-Drug данные о целях и веществах-кандидатах, проводит на компьютере пользователя моделирование воздействия и отправляет результаты обратно на сервер.

А Вы уверены, что считаются действительно лекарства? Проект Find-a-Drug действительно полезен?

Один из самых часто задаваемых вопросов: "А не ядерную ли бомбу (отравляющие газы, болезнетворные бактерии) для американцев (англичан, китайцев) мы рассчитываем?" Задаётся он в нашем форуме с завидной регулярностью исключительно новичками, которым, наверное, просто лень читать эти странички и разбираться в вопросе самим. Впрочем, их тоже можно понять, так что вопрос имеет право на существование, и я постараюсь ответить на него.

Задумайтесь сами - возможно ли, чтобы готовое ПО для расчёта оружия массового уничтожения раздавалось всем желающим? Среди которых могут быть и спецслужбы, в том числе. Добавьте к этому то, что упёртый хакер без особого труда вскроет шифрование ПО THINK (ведь ключ-то к шифру всё равно уже лежит в ПО, так что все эти ухищрения предназначены для защиты коммерческой тайны от обыкновенного любопытного пользователя, а статистики проекта - от начинающих читеров). Секрет стойкости любого шифра как раз в том, что ключ хранится отдельно от зашифрованных данных, чего в данном случае нет.

Кроме того, организаторы проекта легко делятся информацией о результатах с представителями научных кругов, а часть результатов уже прошла практическую проверку на противораковые свойства, естественно, предварительную. Ведь сам процесс создания лекарств - это нечто куда более сложное, чем мог некогда представить себе профан вроде меня. ;) По большому счёту, проекты типа TSC, Find-a-Drug выступают чем-то вроде решета, через которое "просеиваются" молекулы, при этом отбираются подходящие по одному признаку - "размеру", но есть ведь ещё множество других факторов! Мы выбираем молекулы, которые подавляют, скажем, раковые белки, но не факт, что при этом они же не являются ядом для человеческого организма! И вот именно это уже будет выявляться на стадиях тестирования в пробирках, на подопытных животных и т. п. И не только это... 

Вы разочарованы? Зря. Задумайтесь над тем, что без такого решета лекарства ищутся вообще случайным образом среди соединений, которые тому или иному учёному приглянулись. Их надо синтезировать, каждое, каждое протестировать, и всё это делается долго, делается квалифицированными специалистами. А между тем любой из нас, участников, без малейших усилий и научных знаний ;) за день порой перебирает несколько таких соединений, выявляя малопригодные и потенциально пригодные, многократно облегчая специалистам их действительно нелёгкий труд, без которого, конечно же, всё равно не обойтись.

Кстати, суммарная мощность занятых в проекте систем не уступает приличному суперкомпьютеру, хотя верхних строчек в Top500 нам (пока? ;) не занять.

Чуть позже в этом тексте будет дана ссылка на нашу страничку с описанием стадий разработки лекарств, а пока рекомендую ознакомиться с этим сообщением в нашем форуме (его автор - сам врач, только российский :).

Спортивные стороны участия в Find-a-Drug

Однако помимо осознания высокой цели и полезности нашей деятельности хочется иметь нечто ещё более зримое, ощутимое и греющее душу. Например, видеть признание твоих заслуг и усилий на официальном сервере проекта, в виде сертификатов и прочей статистики, в которой уважающий себя кранчер (счётчик) желает занять достойное (с учётом его вычислительных мощностей) место. Организаторы любого проекта распределённых вычислений уважают и поддерживают спортивный дух участников, и Find-a-Drug тут не исключение.

Конечно, обновление статистики раз в 6 часов далеко от практически идеальной ситуации в проекте TSC, где это делается раз в 10 минут (!). Но большинству 4-х раз в сутки вполне хватает, особенно тем, кто подключается по dial-up-соединению.

Итак, что может предложить Вам проект в части подтверждения Ваших заслуг в области распределённых вычислений?

Во-первых, это командный зачёт. Активная страничка статистики позволяет выбрать, за какой период брать статистику - за день, 6 часов, неделю, всё время и проч.

Во-вторых, личный зачёт среди всех пользователей с возможностью такого же выбора периода времени по Вашему выбору. Можно также выбрать более узкий круг участников, с которыми себя сравнивать: только из Вашей страны (например, здесь можно увидеть рейтинг участников из России), только из Вашей (лучше, если она будет нашей ;) команды.

Кроме того, соревнование идёт сразу по начисленным очкам (о них поговорим отдельно), по просчитанным заданиям (jobs), по хитам (это потенциально удачные "лекарственные" молекулы, они нередки, но распределены по заданиям довольно неравномерно), и по общему процессорному времени, затраченному на проект.

Самое интересное соревнование, конечно, - это соревнование по очкам. Оно отражает реальные заслуги перед проектом. Дело в том, что очки выдаются за потраченное процессорное время пропорционально мощности процессора, то есть это показатель, максимально близкий к идеальной оценке Ваших усилий. Немного омрачает эту радужную картину то, что очки как показатель появились значительно позже начала проекта, и при этом статистика не обнулялась, то есть участники, вступившие в Find-a-Drug до 2003 года, и их команды, имеют какую-то часть заданий, за которые очки им не начислены.

Чтобы результаты Ваших расчётов не пропали даром, желательно достаточно часто - не реже раза в месяц - обновлять кэш заданий для счёта. Дело в том, что очками премируются задания при их сливе не более чем через тридцать дней после окончания просчета цели (того белка, взаимодействие с которым конкретных кандидатов проверяется). В худшем случае у вас есть месяц после завершения цели. В лучшем, как это было с целью 1a30-q2, это около 4 или 5 месяцев. 

Программа расчета THINK в своей работе использует множество разных алгоритмов, эти алгоритмы используются различное количество времени, поэтому напрямую оценить производительность практически невозможно. Поэтому используется рейтинг - это бенчмарк, который проводит ряд операций с большими матрицами 32-битных чисел с плавающей запятой с помощью "чистого" FPU без привлечения дополнительных групп инструкций (по словам Кейта Девиса, такие операции очень часто используются в THINK). Рейтинг не является отображением реальной производительности THINK, но достаточно приближен к ней. 

Бенчмарк выполняется в версии 1.25g примерно каждые 10 минут, и его значение вы можете видеть в окошке "Job Info" - "CPU Rating". За час процессорного времени, которую вы отдали THINK, вам начисляется количество очков, которое равно среднему значению рейтинга за этот час. Например, если CPU Rating часто показывает 210, то вам усреднённо начисляется 210 очков в час. Вы также сможете посчитать средний рейтинг за задание, разделив количество очков, которое вам начислили, на процессорное время его выполнения в часах. 

Достоверны ли выдаваемые бенчмарком очки? К сожалению, это зависит от ряда факторов. Например, старые ОС (Windows 95, 98, Me) часто занижают количество очков, так как в них отсутствует качественный механизм учёта процессорного времени (CPU time). Поэтому следует учитывать, что заметная фоновая загрузка при работающем клиенте в Win 9x приводит к заметному снижению рейтинга процессора и выдаче заниженных очков за ту же самую работу. У бенчмарка иногда выявляются и другие недостатки (как правило, незначительные), которые разработчики стараются исправить. Не стоит удивляться беспричиным скачкам рейтинга - такие скачки практически не влияют на средний рейтинг за задание и количество очков, которые вам зачисляются.

Гигафлопсы - это нововведение, которое появилось по просьбам ряда участников проекта, для того, чтобы удобно было сравнить объединённую мощность вовлечённых в проект систем с мощностью известных суперкомпьютеров. Чтобы получить результат в гигафлопсах, надо очки умножить на 8.

Что касается затраченного процессорного времени, то это второй по важности показатель (ведь обычно оно пропорционально затратам Вашего личного времени и сил). К сожалению, пока в нашей статистике этот показатель не нашёл того отражения, которого заслуживает, возможно, мы ещё постараемся этот небольшой недостаток исправить. ;)

А ещё пользователи получают сертификаты с проставленным факсимиле подписи научного директора Find-a-Drug Кейта Дэйвиса (Keith Davies) в том случае, если проанализированные их системами молекулы показывают лекарственные свойства при лабораторных исследованиях. Сертификаты выдаются также за Ваши количественные достижения в этом проекте - если они, конечно, имеются! Их можно распечатать для собственного удовлетворения. ;)

Для Find-a-Drug мы добавляем к статистике проекта нашу собственную статистику - на русском языке, имеющую дополнительные удобные показатели и оптимизированную конкретно под участников нашей команды. :)

Страничка составлена при участии Wilde и Hil.